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A Comissão Permanente era eleita pelo Sínodo Geral (Regulamento Geral, artigo 18º) para apoiar os Bispos no cuidado dos interesses gerais da Igreja Lusitana. Foi presidida pela primeira vez pelo Bispo Riley, do Vale do México. Era composto pelo presidente, um secretário, ministros da Igreja e seculares. Na ata de fundação de 8 de março de 1880 estiveram presentes:
Presidente: Bispo Riley do Vale do México
Reverendo João Joaquim da Costa Almeida (igreja da Santíssima Trindade)
Francisco Rodrigues Lobo, representante da igreja da Santíssima Trindade
Reverendo José Nunes Chaves (igreja da igreja da rua de S. Marçal)
José Gregório Bauduin, representante da igreja da rua de S. Marçal
Reverendo Cândido Joaquim de Sousa (igreja de S. Paulo)
João Gualberto de Araújo, representante da igreja de S. Paulo
Livro de atas da Comissão Permanente do Sínodo Geral:
Momento devocional;
Discussão e votação da ata da reunião anterior;
Expediente e informações;
Encontros ecuménicos;
Relações internacionais (Libombos, Moçambique; Estados Unidos da América (United Thank Offering); Igreja do Bangladesh; Itália; Timor-Leste; Angola; Brasil; Sudão; Canadá; Filipinas);
O Bispo D. António Ferreira Fiandor proferiu, em 25 de Novembro de 1958, no salão paroquial da igreja de S. Pedro em Lisboa, uma exposição episcopal que repetiu na reunião do clero do norte, em 16 de Dezembro de 1958, com os seguintes assuntos:
Conferências proferidas por D. António Ferreira Fiandor relacionadas com o cristianismo e a Igreja Lusitana, no exercício da sua ativadade como presbítero e bispo.
Fundo composto pelos livros da Junta Paroquial da Congregação da Santíssima Trindade. Archival fonds composed of the books of the Parish Board of the Congregation of the Holy Trinity.
Documentação relativa ao 18º Congresso Velho-Católico: Society of St. Willbrord (objeto e regras). A Sociedade Anglicana e Velha Católica de St. Willibrord existe para promover relações mais estreitas entre anglicanos e velho-católicos. Deste modo, procura pôr em prática as implicações do Acordo de Bona. Desde 1931, existe a plena comunhão entre as Igrejas Velho Católicas e a Comunhão Anglicana; Lista de membros do congresso; Sinopse (Living liturgy in the old catholic churches what was achieved and what is the tendency; convite para jantar; apontamento de D. Daniel de Pina Cabral; ordem da procissão de entronização do Arcebispo de York; panfleto do congresso; correspondência recebida e enviada.
O conselho fiscal é constituído por três membros efetivos e dois suplentes, competindo-lhe dar o seu parecer sobre os atos da direção e contas da sua gerência.
O Regulamento Geral da Igreja Lusitana é composto por 31 capítulos acerca da organização da Igreja: assembleia eleitoral, junta paroquial, sínodo (diocesano e geral), comissão permanente geral, cânones, conselho de bispos, eleições, ordenações e jurisdição de presbíteros.
