A Comissão Permanente era eleita pelo Sínodo Geral (Regulamento Geral, artigo 18º) para apoiar os Bispos no cuidado dos interesses gerais da Igreja Lusitana. Foi presidida pela primeira vez pelo Bispo Riley, do Vale do México. Era composto pelo presidente, um secretário, ministros da Igreja e seculares.
Na ata de fundação de 8 de março de 1880 estiveram presentes:

• Presidente: Bispo Riley do Vale do México
• Reverendo João Joaquim da Costa Almeida (igreja da Santíssima Trindade)
• Francisco Rodrigues Lobo, representante da igreja da Santíssima Trindade
• Reverendo José Nunes Chaves (igreja da igreja da rua de S. Marçal)
• José Gregório Bauduin, representante da igreja da rua de S. Marçal
• Reverendo Cândido Joaquim de Sousa (igreja de S. Paulo)
• João Gualberto de Araújo, representante da igreja de S. Paulo

Copiador de correspondência enviada 1980-1988 pela junta paroquial da paróquia de S. Paulo.

Correspondência enviada a autoridades, órgãos públicos e biblioteca municipal de Lisboa.

Livro caixa da Sociedade de Senhoras da catedral de S. Paulo com term ode abertura:
Este livro de 100 folhas destina-se às operações de caixa da tesoureira da Sociedade de Senhoras da Igreja Lusitana de S. Paulo.
contém registos de colectas, donativos, quotas, aquisição de livros, vendas, receitas do bazar.

Secção composta por livros de registos de batismos, casamentos e óbitos da paróquia de S. Pedro.

A paróquia de S. Paulo, tal como as outras paróquias da Igreja Lusitana, é regida pelos Cânones e Regulamento Geral. Em 1912, por imposição legislativa (Lei da separação da Igreja do Estado de 20 de Abril de 1911), procedeu à redação dos Estatutos da Igreja Lusitana Evangélica de S. Paulo em que passa a designar-se como Corporação Cultual. No entanto, a nível administrativo manteve a sua organização original.

Registo dos matrimónios celebrados na Capela da Propagação do Evangelho de Jesus.
Este livro encontra-se incompleto, apenas temos a parte que se inicia no fl. 50 com o registo de casamentos e vai até ao fl. 60.
Apenas os fls. 54, 55, 56 estão preenchidos. O primeiro e o segundo registos estão incompletos.
No fl. 56 encontra-se uma tabela com os seguintes elementos:

• Título: Matrimónio celebrado na cidade de Lisboa o dia quatro de Fevereiro do ano de 1842, segundo a forma estabelecida pela Igreja Anglicana
• Número
• Data
• Nome dos contraentes
• Estado
• Profissão
• Residência ao tempo do casamento
• Nomes dos pais
• Profissão destes
  Foi celebrado este casamento por Vicente Gómez y Tojar.
  As assinaturas são autógrafas
  No fl. 56v está a cópia da procuração dada por João José de Sousa Baptista a João Evangelista Cardoso, com sua licença à sua filha Maria Amália, com o padre Porfírio Carvalho e Mello, ministro anglicano.

A Juventude auxiliar da Igreja de S. Paulo foi fundada em 14 de maio de 1936. Segundo os seus estatutos era composta por uma assembleia geral ordinária, presidida pelo pastor da igreja. A direção era composta por seis elementos eleitos pela assembleia geral, estes elementos, por sua vez, escolheriam entre si um presidente, um secretário e um tesoureiro.

Livro de registo de frequência e nota mensal do comportamento dos alunos, do sexo masculino e feminino.

Livro de registo de frequência e nota mensal do comportamento dos alunos, do sexo masculino e feminino.

Documentos para a instituição a diácono de Belarmino José Vieira Barata:carta de pregador licenciado; certidão de assento de batismo; atestado de habilitações teológicas, concedido pelo Bispo-eleito da Igreja Lusitana Joaquim dos Santos Figueiredo, necessárias para ser admitido a diácono; declaração formal de obediência canónica; declaração formal de crença nas sagradas escrituras; SIQUIS; certidão da Junta Paroquial da Igreja de Jesus; carta testemunhal; proposta da Junta Paroquial da Igreja de Jesus; atestado da Junta Paroquial da Igreja de Jesus; Carta do Sínodo da Junta Paroquial da Igreja de Jesus.

Processo de ordenação de João Soares de Carvalho: processo incompleto contendo apenas a declaração de crença nas sagradas escrituras e de obediência canónica.

Propostas para leitores licenciados da Igreja Lusitana, referentes a Aires Serrano e Silva, José Marques Serrano, António de Almeida Barros, Joaquim Pereira de Pina Cabral, Júlio da Silva Coelho, Jorge dos Santos Piedade, Paulo Aires da Silva Pires, Armando Constantino Correia, Fernando dos Santos Varandas Gallas, David Rodrigues Pereira, José Augusto Gomes dos Santos.
Documentos: requerimento para admissão de ministro da Igreja, declaração de crenças nas Sagradas Escrituras, declaração de obediência canónica, atestado da junta paroquial, SIQUIS, certidão de atestação de ordenação.

Documentação do II Congresso da Juventude Evangélica Portuguesa: programa, correspondência recebida, comunicação apresentada no congresso, discruso de boas-vindas, recortes de jornais (A Voz do Operário, O Século, Diário de Notícias, Primeiro de Janeiro, Diário de Lisboa, Diário Popular, Novo Mensegeiro, O Semeador Baptista, Portugal Novo(números completos nº 416 de junho de 1950 e nº 427 de maio de 1951)); lista das conclusões do congresso, de delegados, orçamento.