No dia 3 de Janeiro de 1929, por iniciativa do evangelista José Ilídio Freire, organizou-se na Av. dos Combatentes da Grande Guerra, a primeira comunidade evangélica em Vila F. Xira, a que se juntou desde o início um colaborador entusiasta, ainda estudante de medicina, Luís César Rodrigues Pereira. Mais tarde, já médico, o Dr. Luís Pereira veio a tornar-se o principal e dedicado dirigente da comunidade evangélica.
Foi nesse período que a congregação se expandiu até Salvaterra de Magos e Castanheira do Ribatejo. Foi ainda sob os auspícios da congregação evangélica que em 1942 se fundou o clube de campismo de Vila Franca de Xira “As Sentinelas”.
Orador fluente e muito apreciado, o Dr. Luís Pereira ingressou na Igreja Lusitana em 1948. Proposto para ordens sacras, foi ordenado Diácono, em 24.04.1949, pelo Arcebispo de Armagh, Dr. Gregg, e ordenado Presbítero, em 08.10.1950, pelo mesmo Primaz da Irlanda.
Após a integração na Igreja Lusitana, a primitiva Casa de Oração tornou-se pequena e iniciou-se a busca de um edifício mais amplo. Apareceu finalmente à venda um armazém de cereais, na Rua de Almeida Garrett. O custo do armazém e das obras da sua transformação num templo cristão era porém muito elevado e eram reduzidas as possibilidades financeiras da Paróquia. Mas a fé era grande e o entusiasmo imenso. O armazém comprou-se, fizeram-se as obras e, em 23 de Agosto de 1953, a nova igreja era solenemente dedicada a Deus.
O Rev. Dr. Luís Pereira, após a sua Ordenação Presbiteral, foi instituído como o primeiro Pároco de S. Mateus, em 1951 (ainda na Av. Combatentes da Grande Guerra) e até 1961. Foi sagrado Bispo em Lisboa em 24.06.1962, ficando o seu episcopado assinalado pela revisão litúrgica da Igreja Lusitana, pelo seu entusiasmo no diálogo ecuménico a partir dos anos 60 e pelas negociações que conduziram mais tarde, em 1980, à integração da Igreja Lusitana na Comunhão Anglicana. Pouco tempo depois resignou do seu cargo, continuando ligado às actividades da Diocese e à vida da Paróquia de S. Mateus até ao seu falecimento.
O segundo Pároco de S. Mateus foi o Rev. Saul de Sousa (1961-1967), seguindo-se o Rev. Dr. Eudoro dos Santos Vieira (1968-1971), o Rev. Cónego António Pinto Ribeiro (1974-1983), o Rev. Carlo Aluigi (1984-2009), e o Rev. Fernando Santos, desde 2010.