O Sínodo Geral reuniria de 3 em 3 anos, a duração do mandato dos eleitos quer ao Sínodo Geral quer ao Sínodo Diocesano. Aprova os Cânones da Igreja, vigilância da Liturgia.

A Comissão Permanente era eleita pelo Sínodo Geral (Regulamento Geral, artigo 18º) para apoiar os Bispos no cuidado dos interesses gerais da Igreja Lusitana. Foi presidida pela primeira vez pelo Bispo Riley, do Vale do México. Era composto pelo presidente, um secretário, ministros da Igreja e seculares.
Na ata de fundação de 8 de março de 1880 estiveram presentes:

• Presidente: Bispo Riley do Vale do México
• Reverendo João Joaquim da Costa Almeida (igreja da Santíssima Trindade)
• Francisco Rodrigues Lobo, representante da igreja da Santíssima Trindade
• Reverendo José Nunes Chaves (igreja da igreja da rua de S. Marçal)
• José Gregório Bauduin, representante da igreja da rua de S. Marçal
• Reverendo Cândido Joaquim de Sousa (igreja de S. Paulo)
• João Gualberto de Araújo, representante da igreja de S. Paulo

Esta série é constituída por um livro com as atas da Comissão de Bolsas, entre 1985 e 1986. A Comissão de Bolsas funcionava por delegação da Comissão Permanente do Sínodo da Igreja Lusitana Católica Apostólica Evangélica.
As suas reuniões seriam pontuais, de acordo com os pedidos de bolsas. todas as suas decisões seriam tomadas de acordo com o Regulamento, aprovado em reunião da Comissão Permanente.
O Bispo presidia às reuniões da Comissão.
Actas referentes aos pedidos de bolsas com os seguintes assuntos:
Momento devocional;
Funcionamento da comissão;
Análise dos pedidos recepcionados (Paróquia do Redentor - Porto; S. João Evangelista - Vila Nova de Gaia; Cristo Reunido - Alcácer do Sal; S. Pedro - Lisboa; S. Jerónimo - Queluz; S. Tomé - Castanheira do Ribatejo; S. Mateus - Vila Franca de Xira; S. Paulo - Lisboa).

Livro de atas da Comissão de Bolsas.

Atas da Comissão de legalização das propriedades legadas às igrejas do Torne e do Prado, pelo reverendo Diogo Cassels, foi nomeada pela Comissão Permanente da Igreja Lusitana: André Cassels, Frederico Flower, Augusto da Costa Pereira, membro da Junta Paroquial, António Ferreira Fiandor (secretário da comissão).

Série composta plas atas da Comissão organizadora do primeiro congresso da Igreja Lusitana, com sede em Lisboa e nomeada pela Comissão Permanente. Era composta por Belarmino Vieira Barata (presidente), Leopoldo Figueiredo, Josué Ferreira de Sousa Júnior, Liberto Figueiredo Franco e A. Pinto Ribeiro Júnior.
Esta comissão trataria dos seguintes assuntos: cargos, despesas de viagens, data do congresso, receção e abertura, romagem às sepulturas de alguns pioneiros da Igreja Lusitana, sessões de trabalhos, encerramento; pensão e alojamento para delgados; regulamentos do congresso, publicação.

Livro de atas do primeiro congresso da Igreja Lusitana com os seguintes assuntos: reuniões, fundos, ofícios, propaganda, correspondência, sub-comissão do norte,.

Livro nº 2 de atas da Comissão Organizadora do Primeiro Congresso da Igreja Lusitana com os seguintes assuntos: propaganda, redatores de notícias, ensaios do coro, reuniões, expediente geral, programa, comissão de honra, exposição na sala dos escuteiros do convento dos Marianos, excursão.

Atas da Sub-Comissão Organizadora do I Congresso da Igreja, Católica, Apostólica, Evangélica foi criada na sede do Esforço Cristão do Bonfim, anexa à igreja do Redentor, na rua Barão de S. Cosme, para apoiar à realização do congresso.
No norte era presidida por Agostinho Arbiol, tendo sido nomeado pela Comissão de Lisboa. O secretário era Luís Manuel Crespo.

Livro de Atas da Sub-Comissão Organizadora do I Congresso da Igreja, Católica, Apostólica, Evangélica com os seguintes assuntos: nomeações, correspondência, excursão a Lisboa.

Atas da Sub-Comissão de Exposição do Primeiro Congresso da Igreja Lusitana.

Correspondência recebida da Comissão Organizadora do Primeiro Congresso da Igreja Lusitana.

Correspondência recebida pela Comissão Organizadora dos diversos presbíteros da Igreja Lusitana.

Livro de registo de caixa da Comissão Organizadora do Congresso da Igreja Lusitana.

As atas da Comissão Permanente da Igreja Lustiana estão estruturadas da seguinte forma:

• Momento devocional;
• Discussão e votação da ata anterior;
• Expediente;
• Informações;
• Outros assuntos.

Livro de atas das sessões da Comissão Permanente da Diocese de Lisboa: propostas para a Comissão Permamente; regulamento interno provisório; apresentação de modelo de livro de registo paroquial; eleição de Diogo Cassels ao diaconato; eleições; ordenação de Augusto Nogueira; preparação de um resumo oficial da História da Igreja Lusitana; Livro de Oração Comum;

• Bispo eleito;
• Construção de templos;
• Relatórios;
• Missões;
• 1º Congresso da Igreja Lusitana;
• Fundos da Igreja;
• Estatutos do Sínodo Geral;
• Ordenações.