A congregação da Santíssima Trindade integra juntamente com as congregações de S. Paulo e de S. Marçal um dos núcleos fundadores da Igreja Lusitana. Foi fundada pelo reverendo João Joaquim da Costa Almeida, num terreno da sua quinta em Rio de Mouro - Sintra. Possuía escola diária para ambos os sexos e nocturna para adultos de sexo masculino. O edifício da Igreja-Escola foi inaugurado apenas em 1 de Novembro de 1878, deduzindo-se que até aí a congregação, como a escola, funcionariam na própria residência da família Costa e Almeida.