A paróquia de S. Paulo, tal como as outras paróquias da Igreja Lusitana, é regida pelos Cânones e Regulamento Geral. Em 1912, por imposição legislativa (Lei da separação da Igreja do Estado de 20 de Abril de 1911), procedeu à redação dos Estatutos da Igreja Lusitana Evangélica de S. Paulo em que passa a designar-se como Corporação Cultual. No entanto, a nível administrativo manteve a sua organização original.