A Comissão Permanente era eleita pelo Sínodo Geral (Regulamento Geral, artigo 18º) para apoiar os Bispos no cuidado dos interesses gerais da Igreja Lusitana. Foi presidida pela primeira vez pelo Bispo Riley, do Vale do México. Era composto pelo presidente, um secretário, ministros da Igreja e seculares.
Na ata de fundação de 8 de março de 1880 estiveram presentes:

• Presidente: Bispo Riley do Vale do México
• Reverendo João Joaquim da Costa Almeida (igreja da Santíssima Trindade)
• Francisco Rodrigues Lobo, representante da igreja da Santíssima Trindade
• Reverendo José Nunes Chaves (igreja da igreja da rua de S. Marçal)
• José Gregório Bauduin, representante da igreja da rua de S. Marçal
• Reverendo Cândido Joaquim de Sousa (igreja de S. Paulo)
• João Gualberto de Araújo, representante da igreja de S. Paulo

Livro de atas das sessões da Comissão Permanente da Diocese de Lisboa: propostas para a Comissão Permamente; regulamento interno provisório; apresentação de modelo de livro de registo paroquial; eleição de Diogo Cassels ao diaconato; eleições; ordenação de Augusto Nogueira; preparação de um resumo oficial da História da Igreja Lusitana; Livro de Oração Comum;

• Bispo eleito;
• Construção de templos;
• Relatórios;
• Missões;
• 1º Congresso da Igreja Lusitana;
• Fundos da Igreja;
• Estatutos do Sínodo Geral;
• Ordenações.