O Colégio Evangélico Lusitano foi inaugurado em Junho de 1889: “A Comissão Permanente Diocesana desejando estabelecer em Lisboa uma espécie de Colégio Central que pudesse ser frequentado pelas crianças das três Congregações da Capital, resolveu abrir o que se denomina Colégio Evangélico Lusitano. Este colégio funciona numa parte do edifício, em que está estabelecida a Igreja de S. Paulo (…). Graças à bênção divina o colégio tem prosperado; tem 2 professoras, e 148 matrículas, e o termo médio de assistência diária é de 54 crianças.
Segundo o que se combinou, o salário de uma professora é pago pela Sociedade Auxiliadora e o da outra pelo produto de uma subscrição permanente promovida entre as congregações de Lisboa” (Relatórios…, 1889, p. 3-4; cf. Relatórios…, 1890, p. 3; idem, 1894, p. 10-11).
As escolas protestantes, por vezes designadas por colégios evangélicos, nasceram de vontades determinadas em combater a ignorância e a incredulidade. Os seus inícios dependeram fortemente da coragem e espírito decidido dos seus actores. Nos bairros pobres e operários de Lisboa, Porto e Vila Nova de Gaia; nas zonas deprimidas dos Açores e da Madeira; nos espaços piscatórios de Setúbal e da Figueira da Foz, e em Portalegre ou nas minas do Palhal, um conjunto de evangélicos sonharam e ergueram essas escolas.
Em 1911 era já diferente a concepção da escola evangélica, podendo constatar-se tal factona resposta que Joaquim dos Santos Figueiredo, director do Colégio Evangélico Lusitano, de Lisboa, dá ao director do jornal O Dia510. O motivo da réplica prende-se com uma notícia vinda no periódico em que se acusava o Colégio de ministrar ensino religioso, alegando-se que “estranhamente a autoridade não intervinha”. Peremptório Santos Figueiredo escreve: depois de publicada a Lei da Separação, nunca mais se ensinou às crianças, na escola, durante a semana, o catecismo da religião evangélica, pois temos as aulas dominicais para esse fim. O que se faz antes das lições do dia, que em regra principiam às 9 horas e meia da manhã, é entoar cânticos religiosos e patrióticos, e ler e explicar alguma passagem do Evangelho, para assim proporcionar às crianças altos exemplos de moralidade. Isto poder-se-ia fazer na mais laica escola, e seria bom que tal prática se estendesse a todas, porque os alunos não só aproveitariam a lição moral, que não é para desprezar nestes tempos, de tanta corrupção, mas iriam adquirindo os conhecimentos históricos da vida de Cristo, sem os quais não poderão mais tarde, se prosseguirem nos seus estudos, compreender os Lusíadas e muitas obras-primas de autores estrangeiros, como Milton, Shakespeare, Chateaubriand, Victor Hugo, etc.
Joaquim dos Santos Figueiredo foi, durante 38 anos, diretor do Colégio. Joaquim dos Santos Figueiredo, primeiro bispo-eleito da Igreja Lusitana e durante 38 anos diretor do Colégio Evangélico Lusitano, explica a sua concepção pedagógica: fazer as crianças decorar versículos é, para mim, um mau processo quando a isso se limita, isto é, decorar para ornar a memória. Decorar é mecânico. A memória não é apenas um auxiliar do intelecto, da inteligência. Creio que deve ser também do coração. Os católicos romanos adoptam um catecismo. O trabalho é de responder a determinadas perguntas. Esforço de memória. Mas nós não devemos seguir essa maneira de ensinar.
Na continuidade da obra do Colégio Lusitano, em 9 de outubro de 1941 foi concedido pelo Ministério da Educação Nacional, Inspeção Geral do Ensino Particular um alvará para que funcionasse como insituição de ensino feminino, sendo diretora Lavínia Augusta de Figueiredo.